鹿寮溪

        新武吕溪

        伽溪：卑南乡

        都兰溪：东河乡

        八里溪（里乡）：东河乡

        武窟溪：东河乡、成功镇

        半屏溪：成功镇

        都歷溪：成功镇

        成功溪（新港溪）：成功镇

        富家溪：成功镇

        海老溪：成功镇

        都威溪：成功镇

        沙湾溪（大滨溪）：成功镇

        堺桥溪：成功镇、长滨乡

        胆月曼溪：长滨乡

        南石寧埔溪：长滨乡

        寧埔溪：长滨乡

        仅那鹿角溪：长滨乡

        彭仔存溪：长滨乡

        竹湖溪（石门溪）：长滨乡

        中宾溪：长滨乡

        南扫别溪：长滨乡

        扫别溪：长滨乡

        大德溪：长滨乡

        石坑溪：长滨乡

        长滨溪：长滨乡

        城埔溪：长滨乡

        海溪（真柄溪）：长滨乡

        山间溪（三间溪、凸鼻溪）：长滨乡

        水母溪（水母丁溪）：长滨乡

        大峰峰溪：长滨乡

        花莲县

        三富溪：丰滨乡

        秀姑峦溪-乐乐溪-霍拉斯溪[3]：丰滨乡

        秀姑峦溪

        富源溪

        丰坪溪

        乐乐溪(拉库拉库溪)

        清水溪

        石梯港溪：丰滨乡

        拉滥溪：丰滨乡

        起拉嚕溪：丰滨乡

        丰滨溪：丰滨乡

        新庄溪：丰滨乡

        加塱溪：丰滨乡

        加兰溪（加路兰溪）：丰滨乡

        蕃薯寮溪（薯寮溪）：丰滨乡、寿丰乡

        水连溪：寿丰乡

        花莲-万里溪[4]：寿丰乡、吉安乡

        花莲溪

        木瓜溪

        寿丰溪

        万里溪

        鞍溪

        吉安溪：吉安乡、花莲市

        美崙溪：花莲市

        三栈溪：新城乡

        立雾溪：新城乡、秀林乡

        大沙溪

        石公溪：秀林乡

        大富溪：秀林乡

        清水溪：秀林乡

        大清水溪（卡那刚溪、大清水溪）：秀林乡

        和平溪（大浊水溪）：秀林乡、宜兰县南澳乡

        和平北溪

        註释